賀茂別雷神社〔かもわけいかずちじんじゃ〕は、古くは左京区に鎮座する賀茂御祖神社〔かものみおやじんじゃ〕とあわせて「賀茂社」と呼ばれ、賀茂県主〔かものあがたぬし〕によって奉祀されていた。地理的な位置関係から「上賀茂神社」「下鴨神社」と通称される。

社伝によれば、別雷神〔わけいかづちのかみ〕が神社の北北西にある「神山〔こうやま〕」に降臨し、天武天皇の白鳳６年（678）、現在地に社殿が造営されたという。

また、『山城国風土記』逸文によれば、建角身命〔たけつぬみのみこと〕（下鴨神社の御祭神）の娘である玉依姫命〔たまよりひめのみこと〕（同じく下鴨神社の御祭神）が石河の瀬見の小川で丹塗矢〔にぬりや〕を拾い、床の辺に挿し置いていたところ、身ごもって男子を出産した。父親が誰かわからないため、その子が成長するに及んで建角身命は七日七夜の宴を開き、父と思う人にこの酒を飲ませるように言ったところ、天に向かって祭りを行い、屋根を突き破って天に昇った。これが別雷神であるという。

神亀３年（726）には初めて奉幣があり、天平勝宝２年（750）には神領１町歩を充てられるなど、奈良朝以前から中央にも名高い地方の有力社であったが、平安遷都により、皇城鎮護の社として伊勢神宮に次ぐ崇敬を受けるようになった。
長岡京に遷都した延暦３年（784）には従二位、平安遷都の延暦13年（794）に正二位、さらに大同２年（807）には正一位に極位している。

弘仁元年（810）には、嵯峨天皇により、伊勢神宮に準じ有智子〔うちこ〕内親王が「斎院」として奉られた。
古来、宮中では未婚の皇女を神の御杖代〔みつえしろ〕として奉り、祭祀に奉仕させられた。これを「斎王」と称するが、斎王が奉られたのは伊勢神宮と賀茂社だけであり、両者を区別して、それぞれ「斎宮」「斎院」と呼ぶ。
その後、斎院は35代の礼子〔いやこ〕内親王まで約400年間続いた。

葵祭として知られる賀茂祭は、大同元年（806）に勅祭（勅命をもって行う祭）として始められ、弘仁10年（819）に中祀に準じて斎行するよう勅が下された。その賑わいは『源氏物語』などにも描かれている。

『延喜式』では名神大社、月次・相嘗・新嘗の奉幣に預かった。二十二社の制では上七社に列し、さらに山城国一宮として朝野の篤い崇敬を受けた。また、伊勢神宮と同じく２０年毎に式年造替が行われた。明治の社家制度廃止まで賀茂一族が奉仕し、神主は正三位まで昇ることができた。

慶応４年（1868）、明治天皇が王政復古報告の行幸をされ、明治４年（1871）、官幣大社に列した。

平成６年（1994）、「古都京都の文化財」として世界遺産に登録されている。

細殿前に円錐形に盛られた砂の山は「立砂〔たてずな〕」といい、神の憑代〔よりしろ〕で、御祭神が降臨した神山を象ったものとされる。

参考：『神社辞典』（白井永二・土岐昌訓、東京堂出版)）他

賀茂川と高野川の合流点・糺〔ただす〕の森に鎮座する賀茂御祖神社（下鴨神社）は、賀茂別雷神社の御祭神の母・玉依姫命を東本殿に、外祖父・建角身命を西本殿に祀る。

賀茂建角身命〔かものたけつのみのみこと〕は賀茂県主らの祖神であり、神武天皇を導いた八咫烏〔やたがらす〕のこととされる。

『山城国風土記』逸文によれば、日向の曾〔そ〕の峯に天降り、神倭石余比古〔かむやまといわれびこ〕（神武天皇）を導いて大和の葛城山に至り、さらに移動して山背国（山城国）に入り、久我国の北の山麓（現在の左京区上高野東山、御蔭神社〔みかげじんじゃ〕の地）に鎮まったという。
そして神伊可古夜日女〔かむいかこやひめ〕を娶って生まれた子が玉依日子〔たまよりひこ〕と玉依日女〔たまよりひめ〕（玉依姫）であり、賀茂県主は玉依日子の後裔であるとされる。

時代を下って天武天皇６年（678）、現在の地に社殿が造営されたという。

以後、上賀茂神社と一体の賀茂社として朝野の厚い崇敬を集めた。明治の社家制度廃止まで賀茂一族によって奉仕されたが、上賀茂の社家が賀茂氏を称したのに対して、下鴨の社家は鴨氏を名乗った。

賀茂御祖神社が鎮座する「糺の森」は、古代山城地方の植生を残す唯一の森林で、約12万4千平方キロメートル（東京ドーム３個分）であるが、往古は約40倍の広さがあったという。残念ながら、中世の戦乱や明治の上知令により現在の規模に縮小してしまった。現在は国の史跡として保護されている。

また、摂社・河合神社〔かわいじんじゃ〕は、延喜式にも鴨川合坐小社宅神社〔かものかわあいにますおこそやけのじんじゃ〕として名神大社に列している。古くから本宮に次いで重んぜられてきたが、鴨長明ゆかりの神社としても知られる。
鴨長明は当社の禰宜・長継の次男として生まれ、その後を継ぐことを望んでいた。しかし諸事情のためにそれがかなわなかった。そのような人生を通して、『方丈記』に見られるような強い厭世観を抱くようになったとされる。

なお、河合神社の御祭神は玉依姫であるが、本宮の御祭神とは同名の異なる神で、神武天皇の母神である（綿津見神の娘で、鵜葺草葺不合命の后）。

下鴨神社の東西本殿は国宝、その他の建物も重文に指定されている。
平成６年（1994）、上賀茂神社などとともに「古都京都の文化財」として世界遺産に登録された。

参考：『神社辞典』（白井永二・土岐昌訓、東京堂出版)）他